一般情况下余额宝更换基金是不会损失本金的,毕竟余额宝办理基金更换手续是不需要收取手续费的,但是对于投资者来说是会损失一定的基金收益的,因为在更换基金的时候的,办理更换基金当天原来的基金是不会计算收益的,而更换的新基金需要等到下一个交易日确认份额后才会开始计算收益。当然从另一方面来看,尽管货币基金的风险很低,但是也不排除货币基金会出现亏损的可能性,因此若是货币基金本身出现了亏损的情况,那么是会导致余额宝更换基金损失本金的。